Juan Manuel Pedraza Leal
Juan Manuel Pedraza Leal
PhD in Physics
jmpedraza @uniandes.edu.co
Profesor Asociado
Oficina: IP-404
Extensión: 5179
- : A5040255064
- Research ID: KHO-1459-2024
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Departamento de Física
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Cursos Recientes
- 2026
PROYECTO TEORICO COMPUTACIONAL
Primer Periodo
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PROYECTO EXPERIMENTAL
Primer Periodo
Licenciatura
Productos Recientes
.(2025).
Explorando las dinámicas de la determinación del destino celular a través del paisaje de Waddington
Tesis
Títulos Académicos Recientes
PhD in Physics
Doctorado
Massachusetts Institute Of Technology
2006
Estados Unidos
Proyectos Recientes
- 2011
- STOCHASTICITY AND GROWTH EFFECTS ON BACTERIAL PERSISTENCE
Duración: 36 meses
PR.3.2011.1513.jmpedraza
Cursos
- 2026
PROYECTO TEORICO COMPUTACIONAL
Primer Periodo
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Productos
.(2025).
Explorando las dinámicas de la determinación del destino celular a través del paisaje de Waddington
Tesis
.(2025).
The physical properties of the cytoplasm change during aging in s. cerevisiae
Tesis
.(2024).
A step in biosafety: Genetic circuit design for the sabotage of sporulation capacity in Bacillus subtilis progeny
Tesis
.(2024).
Análisis del coste metabólico y de la transmisión de información en bucles feedforward en redes de transcripción
Tesis
.(2024).
Caracterización fenomenológica de la propagación del ruido genético a través de cascadas transcripcionales cortas.
Tesis
.(2024).
Exploring growth rate influence on quorum sensing: from dynamics to antibiotic responses
Tesis
Johenis Del Carmen De La Cruz Chavez, Pedraza J, Husserl J. (2024)
In-Vitro multiparametric analysis of imipenem resistance in Bacteria caused by acquisition of foreign DNA and natural mutations
Journal of Environmental Chemical Engineering (ISSN 22133437)
Artículo
.(2024).
La relevancia del modelo de piedra, papel o tijera en la preservación de biodiversidad
Tesis
Nieto C, Vargas C, Pedraza J, Singh A. (2024)
Mechanisms of cell size regulation in slow-growing Escherichia coli cells: discriminating models beyond the adder
npj Systems Biology and Applications (ISSN 20567189)
Artículo
Okumus B, Pedraza J, Bakshi S. (2023)
Editorial: Next-generation quantitative and synthetic biology: High-sensitivity, high-accuracy, and digital approaches
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (ISSN 22964185)
Artículo
.(2023).
Modelo estocástico de la evolución fenotípica: Un acercamiento desde la teoría de juegos y el cálculo estocástico
Tesis
.(2023).
Modelos estocásticos en la división de bacterias desde el énfasis teórico-computacional
Tesis
.(2023).
Producción de alcanos en E.coli usando fotoenzimas: Diseño y simulación de un plásmido de alta expresión.
Tesis
.(2022).
Memoria a través de difusión: Reproducibilidad en tiempos de respuesta a fotones individuales
Tesis
Escobar M, Jeanneret G, Bravo L, Castillo A, Gomez C, Valderrama D, ROA M, Martínez J, Madrid-wolff J, Cepeda M, Guevara-Suarez M, Sarmiento OL, Medaglia A, Forero-Shelton Manu, Velasco M, Pedraza J, Laajaj R, Restrepo S, Arbelaez P. (2022)
Smart pooling: AI-powered COVID-19 informative group testing
SCIENTIFIC REPORTS (ISSN 2045-2322)
Artículo
Nieto C, Vargas C, Pedraza J. (2021)
Continuous rate modeling of bacterial stochastic size dynamics
Physical Review E (ISSN 2470-0045)
Artículo
.(2021).
Group selection and altruistic behaviour in a plasmid-bacteria system, a probabilistic simulation
Tesis
.(2021).
Modelo unificado de estrategias de control de división celular y dinámicas de ruido causadas por expresión genética
Tesis
.(2021).
Multilevel Selection in Escherichia coli Plasmids: a theoretical and experimental approach
Tesis
Duran D, Hernandez C.A., Suesca E, Acevedo R, Acosta I, Forero D, Rozo F, Pedraza J. (2021)
Slipstreaming mother machine: A microfluidic device for single-cell dynamic imaging of yeast
Micromachines (ISSN 2072-666X)
Artículo
Betancourt PL, Guevara-Suarez M, Hidalgo M, Restrepo S, Potdevin E, Huertas J, Medaglia A, Pedraza J, Cepeda M, Arbelaez P. (2020)
El papel de la ingeniería en la pandemia de COVID-19
Revista de Ingeniería: Universidad de los Andes (ISSN 2011-0049)
Artículo
Nieto C, Arias J, Vargas C, Sanchez C, Pedraza J. (2020)
Correlation between protein concentration and bacterial cell size can reveal mechanisms of gene expression
Physical Biology (ISSN 14783967)
Artículo
Nieto C, Vargas C, Singh A, Pedraza J. (2020)
Division stochasticity can be transmitted to protein expression through chromosome replication
IFAC-PapersOnLine (ISSN 24058963)
Artículo
.(2019).
ADOPCIÓN DE LA RESPONSABILIDAD DE MANDO EN EL ORDENAMIENTO JURÍDICO COLOMBIANO: tensiones entre el derecho internacional y nacional en justicia transicional
Tesis
Nieto C, Pedraza J. (2019)
Dissecting cell-size control strategies through stochastic processes
2019 IEEE 4th Colombian Conference on Automatic Control (CCAC) (ISBN 978-1-5386-6962-4)
Capítulo en Memoria
.(2019).
EL CONTRATO DE CORRETAJE FRENTE AL CONSUMO DE VIVIENDA: PRECISIONES AL DEBER INFORMACION
Tesis
Nieto C, Vargas C, Singh A, Pedraza J. (2019)
Efficient computation of stochastic cell-size transient dynamics
BMC Bioinformatics (ISSN 14712105)
Artículo
.(2019).
Esa metafísica que no es Una. Materialismo inmanente, conocimientos corporizados y formas de vida posthumanas
Tesis
.(2018).
1 Efecto de la aspersión aérea de cultivos ilícitos en trabajo infantil, asistencia y rezago escolar
Tesis
.(2018).
Generación de una herramienta para la determinación del riesgo asociado al consumo de peces contaminados con mercurio y metilmercurio
Tesis
.(2018).
PROPUESTA PARA LA ADOPCIÓN DE POLÍTICAS DE BUEN GOBIERNO Y GOBIERNO CORPORATIVO EN LAS INSTITUCIONES DE EDUCACIÓN SUPERIOR PÚBLICAS
Tesis
.(2017).
PHYSIOLOGY, EVOLUTION AND SINGLE CELL GENE EXPRESSION. An experimental approach using a microfluidics technique
Tesis
Moran R .(2016).
Estadísticas y Ruido Intrínseco de la Expresión Genética
Tesis
Sanchez C .(2016).
FITNESS MAXIMIZATION UNDER CONTROLLED ENVIRONMENTAL UNCERTAINTY
Tesis
Pedraza J.
International workshop: “Stochastic processes with applications in the natural sciences”
Evento
.(2016).
Respuesta en fitness a cambios de un medio ambiente oscilante en el sistema GAL de Saccharomyces cerevisiae
Tesis
Quiroga V .(2016).
Stochastic Models on Persistence
Tesis
Gutierrez L .(2016).
Stochastic models of genetic circuits
Tesis
Vanegas M .(2015).
Regulating lead bioremediation-related genes through a construct design
Tesis
Otero A .(2015).
Sistema de interacción entre fenotipos cooperantes y desertores utilizando Saccharomyces cerevisiae
Tesis
Karr J, Williams A, Zucker J, Raue A, Steiert B, Timmer J, Kreutz C, Wilkinson S, Allgood B, Bot B, Hoff B, Kellen M, Covert M, Stolovitzky G, Meyer P, Hu Y, Baron M, Bryson K, Barker B, Bogart E, Wang Y, Chandramohan D, Huang L, Zawack K, Shestov A, Makadia H, Decicco D, Yin A, Wang M, Li S, Swistak M, Cygan M, Kazakiewicz D, Kursa M, Korytkowski P, Plewczynski D, Yang J, Li Y, Tang H, Wang T, Liu Y, Xie Y, Xiao G, Bello J, Botero D, Cañas S, Castro J, Gomez F, Valdes I, Gonzalez L, Bernal A, Pedraza J, Restrepo S, Reyes A. (2015)
Summary of the DREAM8 Parameter Estimation Challenge: Toward Parameter Identification for Whole-Cell Models
PLoS Computational Biology (ISSN 1553-734X)
Artículo
Contreras L .(2015).
THE PHENOMENON OF PERSISTENCE IN ESCHERICHIA COLI IN RESPONSE TO THERMAL SHOCK
Tesis
Perez M .(2014).
Gene Expression and Directed Information
Tesis
Cañas S, Restrepo S, Pedraza J. (2014)
Novel Protocol for Persister Cells Isolation
PLoS ONE (ISSN 1932-6203)
Artículo
Restrepo J .(2014).
OPTIMIZACION DE RESPUESTAS BIOLOGICAS EN LA TRANSCRIPCION DE GENES
Tesis
Barajas A .(2013).
Analisis de las caractersticas dispersivas de medios heterogeneos a partir de la coherencia
Tesis
.(2013).
Analysis of the evolution of human cooperation using evolutionary game theory
Tesis
Toprak E, Veres A, Yildiz S, Pedraza J, Chait R, Paulsson J, Kishony R. (2013)
Building a morbidostat: An automated continuous-culture device for studying bacterial drug resistance under dynamically sustained drug inhibition
Nature Protocols (ISSN 1754-2189)
Artículo
Cañas S .(2013).
Novel protocol for persister cells isolation & Genomic and transcriptomic analysis of E. coli DS1 (hipQ): A model for type II persistence.
Tesis
Cañas S, Restrepo S, Pedraza J.
Synthetic biology approach for bacterial GMOs population control; Bacterial “Alarm Clock” based on Toxin-Antitoxin (TA) stimuli-dependent differential induction
Evento
Leidy C, Pedraza J. (2013)
Tuning the range and stability of multiple phenotypic states with coupled positive-negative feedback loops
Nature Communications (ISSN 2041-1723)
Artículo
.(2012).
Computational modeling of the compatible interaction between potato and Phytophthora infestans reveals the involvement of the Halliwell-Asada pathway in the photosynhesis shutdown
Tesis
Mahecha L .(2012).
Effects of Gene Expression Noise on Phenotype and cooperate-defect Fitness
Tesis
.(2012).
Evolución de la cooperación y especialización en poblaciones con estructura espacial
Tesis
Pedraza J, Paulsson J. (2008)
Effects of molecular memory and bursting on fluctuations in gene expression
Science (ISSN 0036-8075)
Artículo
Pedraza J, Paulsson J. (2007)
Random timing in signaling cascades
Molecular Systems Biology (ISSN 1744-4292)
Artículo
Chabot J, Pedraza J, Luitel P, Van A. (2007)
Stochastic gene expression out-of-steady-state in the cyanobacterial circadian clock
Nature (ISSN 0028-0836)
Artículo
Pedraza J. (2006)
Noise in gene regulatory networks
Complex Systems Science In Biomedicine (ISBN 978-0-387-30241-6)
Capítulo de Libro
Mettetal J, Muzzey D, Pedraza J, Ozbudak E, Van A. (2006)
Predicting stochastic gene expression dynamics in single cells
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (ISSN 0027-8424)
Artículo
Pedraza J. (2005)
Noise propagation in gene networks
Science (ISSN 0036-8075)
Artículo
Binder P, Pedraza J. (2000)
Nonregular languages in the kicked rotor
Physical Review E - Statistical Physics, Plasmas, Fluids, and Related Interdisciplinary Topics (ISSN 1063-651X)
Artículo
Binder P, Pedraza J, Garzón C. (1999)
An invertibility paradox
American Journal of Physics (ISSN 0002-9505)
Artículo
Títulos académicos
PhD in Physics
Doctorado
Massachusetts Institute Of Technology
2006
Estados Unidos
Proyectos
- 2011
- STOCHASTICITY AND GROWTH EFFECTS ON BACTERIAL PERSISTENCE
Duración: 36 meses
PR.3.2011.1513.jmpedraza